Já foram registrados neste bioma 1523 espécies de anfíbios, répteis, aves e mamíferos. As espécies endêmicas de mamíferos da Mata Atlântica representam 20% da fauna de mamíferos do Parque. Das 704 espécies de vertebrados registradas, 70 (10%) estão compreendidas como espécies ameaçadas de extinção.
No Núcleo São Sebastião, duas serpentes, Liophis atraventer e Bothrops fonsecai, são consideradas ameaçadas de extinção. A Liophis atraventer é procedente da Estação Ecológica de Boracéia, a aproximadamente 900 m de altitude.
De todas as aves ameaçadas, merecem destaque o macuco, jaó-do-sul, jacutinga, papagaio-da-cara-roxa, papagaio-chauá, sabiá-cica e apuim-de-cauda-vermelha, pararu, pichochó e cigarra-verdadeira, gavião-pombogrande, gavião-pomba, tauató-pintado, sabiá-pimenta, choquinha-cinzenta e caneleirinho-de-chapéu-preto.
Jaó-do-sul
Sabemos que existem várias espécies em extinção, mas é importante ressaltar que temos muitas que não estão nesse estágio e que ainda podemos ter esperanças de ter esse patrimônio, que é a serra do Mar, preservado e abrigado.
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